Sa hauteur totale est de 36 mètres environ. L'intérieur de la Tour Saint-Nicolas, avec ses larges salles gothiques représentent un môle polygonal auquel sont accolées circulairement quatre tours semi-cylindriques, excepté du côté qui regarde la mer. De ce côté, l'édifice présente un angle droit et forme une tour carrée beaucoup plus élevée que le reste du bâtiment.

Cette espèce de donjon est entourée d'une plate-forme enceinte d'un parapet en saillie, décoré de trèfles et reposant sur un rang de consoles à trois renflements.

L'intérieur de l'édifice est composé de deux étages divisés en plusieurs corridors et compartiments irréguliers, voûtes en ogive.

Outre les chemins de ronde dans les murs, des escaliers doubles sont disposés de façon que ceux qui montent et ceux qui descendent en même temps ne se rencontrent pas. Ses réduits pleins de mystères avec ses murs froids et impassibles, laissent à peine deviner les événements dont elle a été le témoin.

L'accès de cette salle n'est possible, aujourd'hui, qu'en descendant l'escalier qui fait communiquer le rez-de-chaussée au premier au premier étage.

C'est là que se trouvait attachée la chaîne qui barrait autrefois l'entrée du port. Lorsque l'architecte LISCH fut chargé par l'Etat de la restauration des Tours de l'entrée du port, classées comme monuments historiques, par décret du 17 février 1879, il remarqua, sur le flanc Ouest de la Tour Saint-Nicolas , la naissance d'un arceau encore très apparent.

Il ne s'expliqua la raison d'être de cette amorce, qu'en concluant qu'il existait, entre la Tour Saint-Nicolas et la petite Tour de la Chaîne, un immense arc sous lequel passaient les bateaux entrant au port. Cet arceau, surmonté d'une galerie crénelée, devait mettre les deux Tours en communication et former ainsi une ronde ininterrompue avec la crête de toute la fortification.

On peut voir, en effet, sur la façade Ouest de la Tour Saint-Nicolas le point de départ d'un arc qui pouvait s'amorcer en face sur la petite Tour de la Chaîne.

Au-dessus de la naissance de cet arc se trouvent trois pierres en encorbellement, qui d'après M. LISCH servaient de point d'appui au cintre sur lequel devait reposer la construction. Quand ce travail fut achevé, on se contenta, pour décintrer l'appareil, de couper les pierres sur lesquels il reposait.

Cependant, aucun titre ne parle de ce fameux arceau ; aucune gravure n'en fait soupçonner l'existence.